Embedded questions   или по-русски « встроенные вопросы » — это вопросы, которые являются частью утвердительного или вопросительного предложения. Их особенность заключается в том, что в них прямой порядок слов и они образуются без вспомогательных глаголов do / does / did. То есть фактически они выглядят как придаточные предложения.

When will she come ?   (прямой вопрос) - I do not know when she will come. (встроенный вопрос)

Why did she come late?   (прямой вопрос) - She can't explain why she came late for the last lesson.   (встроенный вопрос)

Where is the bank ?   (прямой вопрос) - Do you know where the bank is ? (встроенный вопрос)

How can I use this machine?   (прямой вопрос) - Could you tell me how I can use this machine?  (встроенный вопрос)

Обратите внимание на появление частицы if / whether(ли), когда мы делаем встроенный вопрос из общего.

Has he already returned ? - I wonder if / whether he has already returned. (Я поинтересовался, вернулся ли он уже.)

Reported questions или по-русски « косвенные вопросы » - это вопросы, которые кто-то задал, а мы их передаем в косвенной речи. Образуются они точно так же, как и встроенные вопросы, в них прямой порядок слов, нет вспомогательных глаголов do / does / did, но у них есть отличительная особенность! В них действует правило согласования времен.

“ Do you speak English well?” he asked. - He asked if I spoke English well. (Он спросил, хорошо ли я говорю по-английски.)

В специальных вопросах прямой порядок слов, но на первом месте по-прежнему ставится специальное слово.

“ When will she come to visit them?” they wanted to know. - They wanted to know when she would come to visit them.

Прочитать о правиле согласования времен подробнее можно вот в этом юните.